ボックスプロット

複数条件による測定データをボックスプロットにして表示するスクリプトを紹介します。X Window 上で表示するのに加えて PNG 画像にも出力するようにしました。

List: boxplot.R

# BOXPLOT SAMPLE
# =============================================================================
# chart.boxplot
# =============================================================================
chart.boxplot <- function(tbl, val_x, val_y,
                          gTitle = "", xLab = "", yLab = "") {
    tmp <- data.frame(x = tbl[, val_x], y = tbl[, val_y])
    y_max <- max(tmp$y, na.rm = TRUE)
    y_min <- min(tmp$y, na.rm = TRUE)
    yLimit <- c(y_min, y_max)

    bp <- boxplot(y ~ x, data = tmp, ylim = yLimit,
                  main = gTitle, xlab = xLab, ylab =yLab,
                  col = "lightblue", cex.main = 1)
}
# =============================================================================
# open.png
# =============================================================================
open.png <- function(imgName, picWidth = 640, picHeight = 400) {
    png(filename = imgName, width = picWidth, height = picHeight,
        units = "px", pointsize = 14, bg = "white", res = NA)
}
# -----------------------------------------------------------------------------
# MAIN
# -----------------------------------------------------------------------------
# _____________________________________________________________________________
# READ CSV DATA
file.name <- "./sample_box.csv"
tbl.data <- read.csv(file.name, header = T, as.is = T)
# _____________________________________________________________________________
# generate BOXPLOT
head.x <- names(tbl.data)[1]
head.y <- names(tbl.data)[2]
title.box <- paste("SAMPLE (n = ", length(tbl.data[, head.x]), ")",
                    sep = "")
label.x <- "Condition"
label.y <- "Measurement"
chart.boxplot(tbl.data, head.x, head.y, title.box, label.x, label.y)
# _____________________________________________________________________________
# generate PNG FILE
open.png("sample_boxplot.png")
chart.boxplot(tbl.data, head.x, head.y, title.box, label.x, label.y)
dev.off()
# ---
# END PROGRAM
サンプルデータ
sample_box.csv

右に、このプログラムで使用するデータファイルのリンクを示しました。データは CSV 形式で、一行目がヘッダーになっています。一行目がヘッダーになっています。この例では一列目が条件、二列目がデータになっています。R のスクリプト boxplot.R と同じディレクトリに保存しておきます。

実行例

boxplot.R が保存されているディレクトリにカレントディレクトリを移して、R を起動し source コマンドでスクリプトを読み込みます。

$ R

R version 2.9.2 (2009-08-24)
Copyright (C) 2009 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

Rはフリーソフトウェアであり、「完全に無保証」です。
...(途中省略)
'help.start()'でHTMLブラウザによるヘルプがみられます。
'q()'と入力すればRを終了します。

> source("boxplot.R")
KernSmooth 2.23 loaded
Copyright M. P. Wand 1997-2009
> 

X Window 上の表示


出力された PNG イメージ

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